Жан Рено был близок к тому, чтобы сыграть роль агента Смита. Но отказался от роли, вместо этого сыграв в фильме «Годзилла».
Роль Морфеуса была предложена Шону Коннери, однако он отказался из-за того, что совершенно ничего не понял в сценарии.
Имя Морфеус отсылает нас к Морфею — богу сновидений в древнегреческой мифилогии. В «Матрице» корабль Морфеуса называется «Навуходоносор» -от имени царя Вавилона. По преданию, этот царь пытался разобраться в смысле своих сновидений.
Надпись на борту корабля «Mark 3.11» обозначает номер стиха Священного Писания из Евангелия от Марка: «Нечистые при виде Его падали на колени и возглашали: Ты есмь наследник Божий».
В словах босса Нео в начале фильма скрыт толстый намек на будущие способности Нео: «Думаете, вы особенный, мистер Андерсон? И правила писаны не для вас?»
Тринити означает «троица». Поэтому номер комнаты, в которой она находится в начале фильма, — 303.